Uno de los mayores problemas de la investigación en ciencias sociales es la endogeneidad, es decir, el hecho de que la mayoría de los factores de interés en un estudio estén determinados por mecanismos internos al fenómeno que se estudia. Otro problema relacionado es el sesgo de autoselección, por el cual los individuos que atraviesan una situación dada suelen ser individuos más propensos a sufrirla que la media poblacional.
Veamos un ejemplo sencillo para comprender estos problemas, intentando responder a la pregunta ¿qué efecto tiene sobre la salud el acudir a un hospital? Una primera aproximación consistiría en comparar la salud de quienes acuden a un hospital frente a aquellos que no han acudido. A nadie le sorprenderá observar que la salud de los que están en el hospital es peor que la salud de los que no están... porque suele acudir quien ya tiene un estado peor de salud. Así, para una investigación rigurosa, deberíamos realizar un experimento en el que, sobre un grupo amplio de personas, ante una dolencia solo se permitiera acudir al hospital a la mitad. La otra mitad, incluso en caso de enfermedad grave, debería permanecer en casa. Midiendo las diferencias de resultados entre ambos grupos podríamos saber exactamente lo beneficiosos que son los hospitales para las personas. Lógicamente, el experimento es irrealizable por motivos éticos.